负压隔离病房的特殊性在于它是“隔离” 的病房，且“ 隔离”是处于“ 负压” 的状态下。且病房要求相对密闭、舒适、洁净，具备 ICU 病房的抢救功能。其设计复杂，施工难度大 , 投资及运行维护费用高 。
1、功能分区
为了确保负压隔离病房的“隔离” 实现，负压隔离病房要采取严格的功能分区和流程，医护人员、、物流都必须按照单向流程活动。医护人员与 、清洁物资和污染物品都有各自的独立出入口和严格的流经路线 。负压隔离病房按功能要求设置四个区域：工作人员生活区(清洁区) 、工作区（半污染区）、病房区（污染区）、设备区（空调排风机房）。并要求按“ 五室二缓” 来进行建筑平面布局。各区既独立又相连接，连接处设缓冲区，并由隔离门进行隔离 。
2、负压差 、定向流 、压力梯度
在进行合理分区的基础上，就要进一步采取措施使隔离病房处于“负压”的状态，使各区之间形成一定的负压差，既让污染区的空气压力低于非污染区的空气压力，空气经有序的气流组织 一一定向流，按一定压力梯度，经清洁区、半污染区、污染区再经有效过滤、消毒后排至室外。使病区外的地方不会被污染，保护医务人员免受 。
3、全新风运行
根据需要负压隔离病房要采取大新风比直至全新风的运行方式，以适合SARS、甲型等性强的呼吸道疾病 。
负压隔离病房内住的是致病菌发生源的，隔离的目的是防止空气致病菌排至室外影响环境和致病菌给进入病房的医护人员。处于自身散发、呼出、咳嗽等产生的含菌气溶胶的包围中，所以像美国等国外标准允许１间病房住２位同类，改建的可住４位。怎样防止病房内的含菌空气对环境和室内人员的危害呢？
有一种意见是采用全新风。但有研究指出，隔离病房采用全新风不是一个必要条件。
送风采用全新风就要求全排风，过去没有过滤器时要求向室外高空排放，这样做的依据是高空排放完全不会或影响被吸入的新风，所以可采用全新风。但是含有危险性疾病的微生物排至室外是对环境的破坏。后来要求经过滤器后全排风。
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